Van de drie kerken die in de elfde eeuw door bisschop Bernold rondom de Sint Maartenkathedraal werden gesticht, was de Mariakerk de laatste. De bouw van deze vijfde kapittelkerk heeft Bernold zelf niet meer kunnen meemaken. Hiervan werd de eerste steen gelegd door bisschop Koenraad. Ook de royale steun van koning Hendrik IV ontbrak niet: een gigantische afbeelding van hem getuigde van zijn financiële inbreng.
De kerk zou Koenraads einde beteken: achttien jaar later werd hij vermoord door een opstandige (waarschijnlijke Friese) bouwmeester. De bouwmeester zou volgens de overlevering niet uitbetaald hebben gekregen voor het oplossen voor een probleem met de fundering. De moordenaar werd, ondanks een aanzienlijke prijs op zijn hoofd, nooit gevonden.
Met de bouw van de Mariakerk, waarvan het terrein direct grensde aan een rijke handelswijk, waren burgers niet zonder meer tevreden. Een deel van de bewoning langs de oude Springweg moest hiervoor wijken. De geestelijkheid had aan de kerk gehoorzaamheid en zedelijkheid gezworen, maar geen armoede; ze verdienden dan ook een aardig zakcentje aan deze grond.
Tijdens de Reformatie werd het katholiek gebruik van kerken verboden, in theorie bleven velen op illegale omwegen hun diensten uitvoeren, waaronder ook de Mariakerk. Angstig als ze waren voor de Calvinisten, die wellicht het oude gebouw zouden slopen, liet de katholieke gemeenschap tekeningen maken van de kerk en haar omgeving. Dit zijn de enige voorstelling die wij tegenwoordig nog van haar kunnen maken.
In 1813 is de kerk gesloopt door Napoleon.Alleen het koor bleef staan en diende als muziekzaal. Zo’n 30 jaar later verdween ook dit onder de sloopkogel om plaats te maken voor het huidige concervatorium. De afbeelding van koning Hendrik IV verdween hiermee ook van het dak, slechts een klein beeldje op de hoek van de Mariaplaats en de Mariastraat herinnerd nog aan het invloedrijke geestelijk centrum dat hier eens was.Daarnaast is er ook nog de prachtige kloostertuin, met bloemen die refereren aan Maria.